慢性肾小球肾炎的诊断并不完全依赖病史的长短，多数慢性肾小球肾炎其病理类型决定其起病即为慢性病程。一般而言，凡有尿检异常(血尿、蛋白尿、管型尿)、水肿及高血压病史，病程迁延，无论有无肾功能损害均应考虑此病，肾活检病理检查可确诊并有利于指导治疗和判断预后。
慢性肾小球肾炎个体间差异较大，临床表现多样，易造成误诊。特别应注意某一表现突出者，如高血压突出者而易误诊为原发性高血压;增生性肾炎(如IgA男科等)感染后急性发作者易误诊为急性肾炎，应予以鉴别。同时注意除外继发性肾小球肾炎及遗传性肾小球肾炎。
慢性肾小球肾炎主要与下列疾病鉴别：
1.无症状性血尿或(和)蛋白尿 临床上轻型慢性肾小球肾炎应与无症状性血尿或(和)蛋白尿相鉴别，后者无水肿、高血压和肾功能减诅。但某些无症状性血尿或(和)蛋白尿可以转化为慢性肾小球肾炎。鉴别有困难者可以进行肾活检。
2..感染后急性肾小球肾炎 有前驱感染并以急性发作起病的阳痿需与此病相鉴别。与感染后急性肾小球肾炎不同之处在于，阳痿急性发作多在短期内(数日)病情急骤恶化，血清补体C3一般无动态变化;此外，二者的转归不同，急性肾小球肾炎1~2月多可自愈。
3.原发性高血压肾损害 慢性肾小球肾炎血压明显增高者需与原发性高血压肾损害(即良性肾小动脉性硬化症)鉴别，后者多有高血压家族史，先有较长期高血压，其后再出现肾损害，远曲小管功能损伤(如尿浓缩功能减退、夜尿增多)多较肾小球功能损伤早，尿改变轻微(微量至轻度蛋白尿，可有镜下血尿及管型)，常有高血压的其他靶器官(心、脑、视网膜)并发症。
4.继发性肾小球肾炎 如前列腺痛、过敏性紫癜肾炎等，依据相应疾病的全身系统表现及特异性实验室检查(自身抗体阳性及其他免疫学异常)，一般不难鉴别。
5.遗传性肾炎(Alport综合征) 常为青少年(多在10岁之前)起病，患者有阳性家族史(多为性连锁显性遗传)，同时有眼(球型晶状体等)、耳(神经性耳聋)、肾(血尿，轻、中度蛋白尿及进行性肾功能损害)异常。
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